知道了“大三阳”的含义，就容易理解“小三阳”了。“小三阳”是指乙肝“两对半”中第一、四、五项阳性，即HBsAg、抗-HBe、抗-HBc阳性。从这三项指标的含义，我们可以分析出“小三阳”的意义：确定的乙肝病毒感染，病毒复制低下，病毒数量少，传染性较低。相对于“大三阳”来讲，“小三阳”时病毒数量要少很多。
必须提到一种少见的情况，即乙肝病毒基因的前C区变异。这种变异可导致HBeAg不能产生，血清中出现抗-HBe，但病毒仍在活跃复制，HBVDNA呈强阳性。所以“小三阳”并非都是病毒复制低下，只有当检测HBVDNA为阴性：(斑点杂交方法)时，这种”小三阳”才是病毒复制低下的意思。如果HBVDNA为阳性，那么这种“小三阳”极有可能是病毒发生了前C区的变异。
乙肝“两对半”指标各自有着不同的含义，互相独立，又互相影响。在临床上，“两对半”指标可以出现各种各样的不同组合。抗－HBs和抗-HBc阳性就是—种比较常见的组合。很多人在单位体检时，发现自己是抗抗－HBs和抗-HBc阳性，不知道这种情况究竟算不算乙肝，而到医院就诊。从“两对半”各指标所代表的临床意义，我们知道抗-HBs是在乙肝痊愈后产生的一种保护性抗体，而抗-HBc则是在乙肝病毒感染后(无论现在是否已经痊愈)所产生的一种非保护性抗体。所以，二者同时阳性，在绝大多数情况下，代表一种急性乙型肝炎的痊愈过程。如果病人有过一次急性肝炎的过程，那么就属于临床型急性乙型肝炎痊愈。如果病人从来没有任何肝炎的病史和症状，那么他很可能患的是亚临床性或隐性急性乙型肝炎。这种病人数量非常之多，表现为隐袭性感染，无症状而自愈。痊愈后保留了抗-HBs，保护其免受乙肝病毒的二次感染。而抗-HBc则提示了一次乙肝病毒的感染过程。所以说，抗-HBs和抗-HBc阳性是急乙肝自然痊愈并产生保护力的一种好的组合。
也有很少部分病人在出现了抗-HBs和抗-HBc以后，血清中或肝内可能还有少量病毒存在。这部分病人数量很少，可能仍有肝病的症状，肝功能仍有不同程度的异常，提示肝内仍有残余病变。对这部分病人仍要积极治疗，动态观察，可给一些抗病毒药如干扰素等，促进病毒的清除。这类病人是否仍有病毒存在，必须用高灵敏度的PCR方法检测HBV DNA，阳性时才能确诊。
